香港入境事務處10月6日公布，皇崗口岸將採用「合作查驗、一次放行」通關模式，旅客使用「合作查驗」自助通道時，只需排隊一次及出示一次證件，便可完成港深兩地出入境手續。
香港入境處介紹，重建後的皇崗口岸設有134條「合作查驗」自助通道和68個傳統人工櫃台。使用自助通道辦理出入境手續時間僅需約20秒。
香港入境處表示，使用「合作查驗」自助通道須提前登記，共有四種登記方式。其中，香港居民和持有往來港澳通行證並附有有效訪港簽注的內地訪客都可以使用的有兩種。合資格通關旅客可前往皇崗口岸的e-道登記處現場辦理登記，其中18歲或以上的旅客還可以在「合作查驗」自助通道同時進行登記及完成辦理兩地出入境手續。
香港入境處助理處長（管制）汪奇説，合資格通關旅客在自助通道的第一道閘擺放證件後，顯示屏便會彈出聲明窗口，按下確認授權後便完成登記手續隨即過關，登記全程只需幾秒鐘。
此外，14歲或以上的合資格香港居民及內地訪客，在登記使用自助通道時，可一併登記「刷臉通關」服務，即可通過免出示證件模式使用自助通道服務。
香港入境處表示，除自助通道外，旅客也可使用傳統人工通道。記者6日在皇崗口岸現場了解到，旅檢大堂分布兩層，每層設有30個傳統人工櫃台，港深兩地查驗人員在同一個櫃台「肩並肩」辦公，旅客同樣只需要排一次隊，就能分別完成出境與入境的查驗手續。
汪奇表示，配合「一地兩檢」安排，整體通關時間將由原來的30分鐘縮短至5分鐘。預計口岸初期可以處理高峰日通關量20萬人次，未來相信可以提升至30萬人次。口岸開通初期，估計每日迎來至少10萬人次出入境。
車輛通關方面，香港海關6日介紹，皇崗口岸設置「聯合一站式」車道，通關時間由此前的約10分鐘縮減至約2分鐘。
