各服務貿易行業港澳服務提供者申請設立獨資或合資企業的程序不盡相同，主要分為以下三類：
(1)不需國務院行業主管部門審批的行業，例如房地産、管理諮詢、飯店餐飲和倉儲業務。設立這類外商投資企業的港澳投資者可以直接向設立企業所在地的商務主管部門提出申請，由地方商務主管部門根據其審批權限進行審批。投資總額在3000萬美元以上的項目由地方商務主管部門上報到商務部審批。
(2)需徵求國務院行業主管部門意見或者事先由行業主管部門立項的行業，主要包括醫療及牙醫、廣告、會議和展覽、電信、音像製品分銷、電影院、建築、分銷、旅行社、海運、道路運輸、貨運代理、物流服務。其中建築、會議和展覽、貨運代理、物流服務等行業可以直接向商務部門提出申請，由商務部門徵求行業主管部門意見後予以審批；其他行業應先到行業主管部門辦理立項或可行性研究報告的審批手續，然後持行業主管部門的批准文件到商務部門辦理設立企業的審批手續。
(3)由行業主管部門審批後到商務部門領取外商投資企業批准證書的行業，主要包括銀行、保險、證券。港澳投資者設立此類外商投資企業應直接向行業主管部門即銀監會、保監會和證監會提出申請，在經上述行業部門批准後，持行業主管部門的批准文件到商務部申領外商投資企業批准證書。
上述(2)、(3)條中所列服務行業的投資項目屬由國務院主管部門負責審批的項目，港澳投資者應先向企業設立所在地有關主管部門提出申請，由其報國務院主管部門審批。
