2006年，內地與香港CEPA實施順利。
貨物貿易方面：據海關統計，2006年，內地在CEPA項下進口原産香港零關稅貨物貨值達4.4億美元，免徵關稅3.2億元人民幣，分別同比增長55.9%和54.2%。自2004年1月1日正式實施CEPA以來，內地累計進口原産於香港的貨物8.7億美元，稅款優惠6.2億元人民幣。自2007年1月1日起，享受CEPA零關稅優惠的香港原産貨物由2004年的273種增加到1449種。
服務貿易方面：內地在27個領域擴大了對香港投資者的開放。截至2006年10月底，共有1669家香港企業申請按照CEPA優惠到內地投資，其中半數已在內地開業。
個體工商戶：截至2006年6月底，內地共註冊香港個體工商戶2200戶，註冊資金1.19億，從業人員5084人。
人民幣業務：香港銀行全面辦理個人人民幣存款、兌換、銀行卡和匯款業務。截至2006年底，香港共有38家銀行開辦了個人人民幣業務，在港人民幣存款餘額約227億元。
內地居民赴港「個人游」：2007年1月1日起內地49個城市，近3億居民可以「個人游」方式赴港旅遊觀光。截至2006年底，內地累計赴港「個人游」旅客達1715萬人次。
此外，內地與香港在貿易投資促進、通關便利化、知識産權保護等8個領域加強了便利化合作；內地與香港在建築、會計、證券、法律、醫療、保險等6個領域的專業人士資格互認取得一定進展，其中建築領域兩地共有約1400人通過互認取得了對方的專業資格。
