為促進粵港合作，廣東省和香港特別行政區自1998年起，每年一次、輪流在廣州和香港，由廣東省常務副省長與香港特區政務司司長共同主持召開兩地政府聯席會議，商討雙方間合作的有關事宜。為適應粵港合作發展的需要，自2003年起，粵港聯席會議升格為兩地行政首長共同主持。粵港合作機制主要包括以下內容：
一、建立由雙方行政首腦直接領導的粵港合作聯席會議。下設「粵港合作聯席會議聯絡辦公室」，粵方由常務副省長負責，港方由政務司司長擔任聯絡辦公室主任。粵港合作聯席會議下設立若干專責小組（目前設有19個專責小組），負責對各專題合作項目的研究、跟進和落實。
二、設立「粵港發展策略協調小組」，就粵港經貿發展的廣泛領域分課題進行合作研究，其成果經聯絡辦公室協調銜接後提交聯席會議討論決策。
三、建立民間合作研討機制。成立兩地企業、行業和商會之間進行經常性研討的機構，不定期舉辦各種研討會、展覽會、信息交流會，建立信息網絡，配合政府推動兩地經貿合作多層次、全方位發展。
截至2006年，粵港聯席會議已經舉行了九屆。粵港雙方按照「一國兩制」的方針，堅持「前瞻、全局、務實、互利」的原則，推動兩地合作取得長足發展。
2006年8月，廣東省黃華華省長和香港特區曾蔭權行政長官共同在廣州主持召開粵港聯席會議第九次會議。雙方圍繞廣東省「十一五」規劃，探討了進一步發展兩地合作的指導思想、原則、思路和措施，就港珠澳大橋等跨界基建、物流和口岸、環境保護、貿易投資、衞生和食物安全、科技、文化、教育、體育及其他領域的具體合作項目達成廣泛共識。
