根據CEPA及其三個補充協議，在貨物貿易方面，從2006年1月1日起，內地對進口的所有原産於香港的産品實施零關稅。截至2006年6月底，兩地主管部門根據香港企業申請、確定原産地標準的1407個內地稅號的香港産品已可零關稅進入內地。在服務貿易方面，內地同意向會計、法律、廣告、物流、航空運輸、管理諮詢、視聽、醫療及牙醫、銀行、專利代理、文娛、專業技術人員資格考試、會議及展覽、房地産及建築、分銷、倉儲、貨代、證券及期貨、個體工商戶、電信、信息技術、旅遊、保險、商標代理、職業介紹所、運輸(包括道路貨運/客運服務及海運服務)、人才中介機構27個服務行業的「香港服務提供者」提前開放市場或放寬准入條件。在貿易投資便利化方面，兩地同意在貿易投資促進、通關便利化、商品檢驗檢疫、電子商務、法律透明度、中小企業、中醫産業和知識産權保護8個領域加強合作。
CEPA是在WTO框架內，一個國家兩個不同關稅區之間特殊形式的自由貿易安排，也是一項優勢互補、互利共贏的合作安排。同時，CEPA也是一項開放性的協議，可以根據形勢的需要，不斷充實和完善。
