2003年春天，一場由非典型肺炎引起的嚴重疫情，突然襲來。
2月中下旬，非典疫情在廣東局部地區流行，4月中下旬波及全國26個省、自治區、直轄市。
4月上旬，胡錦濤來到非典重災區廣東考察災情，研究對策。在黨中央、國務院堅強領導下，舉國上下緊急動員，堅持群防群控，攜手共克時艱，有效控制了非典疫情。6月，世界衞生組織宣布解除對北京的旅行警告，我國抗擊非典取得階段性重大勝利。
非典的發生和蔓延，暴露出我國經濟社會發展中存在的薄弱環節和突出問題。「實現什麼樣的發展、怎樣發展」這一重大理論和實踐問題，歷史地擺到了中國共産黨人面前。
2003年8月底9月初，胡錦濤在江西考察時提出「科學發展觀」概念，指出要牢固樹立協調發展、全面發展、可持續發展的科學發展觀。2003年10月，黨的十六屆三中全會通過《中共中央關於完善社會主義市場經濟體制若干問題的決定》，第一次在黨的正式文件中完整地提出了科學發展觀，要求「堅持以人為本，樹立全面、協調、可持續的發展觀，完善社會主義市場經濟體制。至此，科學發展觀作為一個重大戰略思想已經初步形成。
2004年3月10日，胡錦濤在中央人口資源環境工作座談會上對科學發展觀的科學內涵、基本要求和指導意義作了全面闡述。他指出，堅持以人為本，就是要以實現人的全面發展為目標，從人民群眾的根本利益出發謀發展、促發展，不斷滿足人民群眾日益增長的物質文化需要，切實保障人民群眾的經濟、政治和文化權益，讓發展的成果惠及全體人民。全面發展，就是要以經濟建設為中心，全面推進經濟、政治、文化建設，實現經濟發展和社會全面進步。協調發展，就是要統籌城鄉發展、統籌區域發展、統籌經濟社會發展、統籌人與自然和諧發展、統籌國內發展和對外開放，推進生産力和生産關係、經濟基礎和上層建築相協調，推進經濟、政治、文化建設的各個環節、各個方面相協調。可持續發展，就是要促進人與自然的和諧，實現經濟發展和人口、資源、環境相協調，堅持走生産發展、生活富裕、生態良好的文明發展道路，保證一代接一代地永續發展。
2006年10月，黨的十六屆六中全會提出構建社會主義和諧社會重大戰略目標，使中國特色社會主義事業總體布局增加了「社會建設」這一重要方面，從而由經濟建設、政治建設、文化建設「三位一體」，擴展為經濟建設、政治建設、文化建設、社會建設「四位一體」。
這次全會還提出了「促進經濟又好又快發展」的新要求。指導經濟發展的方針，從持續使用多年的「又快又好」到「又好又快」，雖只是「好」與「快」順序的調整，卻體現了科學發展的本質要求。
2007年10月15日，中國共産黨第十七次全國代表大會在北京舉行。黨的十七大對科學發展觀的時代背景、科學內涵、精神實質和根本要求進行了全面系統的闡述。科學發展觀是立足社會主義初級階段基本國情，總結我國發展實踐，借鑒國外發展經驗，適應新的發展要求提出來的。
科學發展觀，第一要義是發展，核心是以人為本，基本要求是全面協調可持續，根本方法是統籌兼顧。
黨的十七大把科學發展觀作為黨的指導思想寫入黨章，明確規定：科學發展觀，是同馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論和「三個代表」重要思想既一脈相承又與時俱進的科學理論，是我國經濟社會發展的重要指導方針，是發展中國特色社會主義必須堅持和貫徹的重大戰略思想。
社會主義初級階段基本國情和新世紀新階段我國發展新的階段性特徵，是科學發展觀形成的現實依據；黨帶領人民戰勝各種風險挑戰、堅持和發展中國特色社會主義的成功實踐，是科學發展觀形成的實踐基礎；當代世界發展大勢、國外發展的經驗教訓，是科學發展觀形成的時代背景。
